玻璃温室虽然优势明显，但在实际建设和运营中，也会面临一系列常见问题，主要涉及成本、环境控制、维护管理等方面。

初期投资高：玻璃材料、热镀锌钢骨架及配套系统（如通风、加热、遮阳）的成本远高于塑料大棚或日光温室。基础工程要求也更高，整体造价比同面积连栋薄膜温室高出数倍。